Zuweisungen – Nach diagnostischen Methoden

(Molekulare) Zytogenetik

Mikroskopische Analyse der Chromosomen humaner Zellen (Anzahl, Gestalt, Struktur und Funktion) zur Identifikation von Anomalien und deren möglichen Auswirkungen auf den Organismus.

Abteilung:

Fluoreszenz-in-Situ-Hybridisierung (FISH)

Bei dieser altbewährten Methode werden fluoreszenzmarkierte Gensonden verwendet um chromosomale Veränderungen im Zellkern nachzuweisen. Dies können Veränderungen der Kopienzahl von einzelnen Genen oder Chromosomen-Abschnitten sein, wie zum Beispiel die Amplifikation des MYCN-Gens oder der 17q Zugewinn bei Neuroblastom. Weiters können Translokationen und Fusionen von bestimmten Genen und den damit verbundenen Bruchpunkten detektiert werden (Fusions- und Break apart FISH Sonden). Mithilfe der FISH kann eine rasche Aussage über das Vorhandensein von bestimmten genetischen Veränderungen getroffen werden, jedoch findet keine Beurteilung des gesamten Genoms statt. Die Analyse dauert meist nur wenige Tage, max. 7 Werktage.

Abteilung:

Portfolio:
- FISH-Portfolio-Genet. Diagnostik haematol. Neoplasien
Zuweisungen:
- Zuweisung HÄMATOLOGISCHE NEOPLASIEN V02
- Zuweisung CML DIAGNOSTIK
- Zuweisung PÄDIATRISCHE SOLIDE TUMOREN
- Zuweisung SYNDROMDIAGNOSTIK V02

Bestimmung der Chromosomenbruchrate (mittels DEB)

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- Zuweisung HÄMATOLOGISCHE NEOPLASIEN V02

Immunphänotypisierung

Durchflusszytometrie

Die Durchflusszytometrie bietet die Möglichkeit, verschiedenste Zellen die zuvor mit spezifischen Antikörpern markiert wurden, sicher zu bestimmen, und darüber hinaus sogar zu quantifizieren.

Abteilungen:

Immunhistochemie

Immunzytologische Färbungen

Bei immunzytologischen Färbungen werden Antikörper zum spezifischen Nachweis von bestimmten Oberflächenmolekülen der Tumorzellen verwendet. Die Detektion erfolgt an einem automatisierten Mikroskop, das Millionen von Zellen in Knochenmarksproben betrachtet und die angefärbten, leuchtenden Tumorzellen darin auffindet. Diese Tumorzellen können dann noch weiter genetisch charakterisiert werden (AIPF = Automated Immunofluorescence Plus FISH). Mit dieser sehr sensitiven Methode kann auch nur eine einzige Tumorzelle unter 1 Million normalen Zellen identifiziert werden, zum Beispiel durch die Verwendung von GD2- und CD56- Antikörpern um Neuroblastom-Zellen nachzuweisen. Die Untersuchung dauert ca. 1 Woche.

Abteilung:

Tumor Biologie

- Zuweisung PÄDIATRISCHE SOLIDE TUMOREN
- Referral Form PAEDIATRIC SOLID TUMOURS

Molekulargenetik

PCR, Digital Droplet PCR (ddPCR) und Realtime-PCR (qPCR)

Die PCR (Polymerase Kettenreaktion) ist die Grundlage vieler molekularbiologischer Verfahren. Dabei werden bestimmte DNA Abschnitte im Labor milliardenfach vervielfältigt um diese in weiterer Folge mithilfe verschiedenster Detektionsmethoden sichtbar zu machen. Eine Methode davon ist die Verwendung von Fluoreszenzsonden und die Betrachtung der Vervielfältigung in Echtzeit, wodurch eine genaue Quantifizierung der gebildeten PCR Produkte möglich ist (Realtime-PCR, quantifizierende PCR). Wenn diese Reaktion in tausenden kleinen Öl-Wasser-Tröpfchen abläuft, spricht man von Digital Droplet PCR.

Sanger Sequenzierung

Die Sequenzierung nach Sanger wird verwendet um in bestimmten Gen-Abschnitten jede Base, also jeden Buchstaben des genetischen Codes, zu lesen. Damit können verschiedenste Punktmutationen und auch kleinere Deletionen in diesen Abschnitten nachgewiesen werden. Dies dient dazu die Tumorzellen genauer zu charakterisieren oder die genetische Ursache von Erbkrankheiten zu ermitteln.

Next Generation Sequencing (NGS)

Das Next Generation Sequencing (NGS) ist eine neue Technologie, die es ermöglicht viele Sequenzreaktionen parallel ablaufen zu lassen. Damit können einerseits zehntausende Gene des Genoms (Exom) auf einmal analysiert werden, oder auch nur ausgewählte, für die Erkrankung relevante Gene (Panels) sequenziert werden. Diese Methode erlaubt auch die Untersuchung von liquid biopsies (Flüssigbiopsien) bei bestimmten Krebserkrankungen und ist in der Labdia gerade im Aufbau. Da mit NGS viele verschiedene Untersuchungen durchgeführt werden können bitten wir Sie die Untersuchungsdauer gegebenenfalls mit dem ausführenden Labor zu besprechen.

Die Untersuchungsdauer für Whole Exome Sequencing (WES) ist mind. 3 Monate.

Komparative genomische Hybridisierung (CGH) bzw. Single-Nucleotid-Polymorphism (SNP) Arrays (CGH/SNP Array)

Bei SNP Arrays handelt es sich um Mikrochips auf denen Millionen Sonden platziert sind. Damit können hochauflösende Profile der Kopienzahl und Allelverteilung aller Genregionen des menschlichen Genoms erstellt und in weiterer Folge Zugewinne, Verluste und homozygote Abschnitte nachgewiesen werden. Wir verwenden diese Methode um stratifizierende Marker nachzuweisen, wie zum Beispiel segmentale und numerische Chromosomenaberrationen beim Neuroblastom. Da dies mit einer zeitintensiven Auswertung einhergeht, dauert die Untersuchung für Proben von pädiatrischen Krebspatient*innen 3 Wochen.

Multiplex Ligation dependent Probe Amplification (MLPA)

Die MLPA (Multiplex Ligation dependent Probe Amplification) wird verwendet, um Kopienzahlveränderungen nachzuweisen. Damit können Deletionen oder Duplikationen einzelner oder mehrerer Exons bis hin zu ganzen Genen erfasst werden. Die Untersuchung dauert ca. 4 – 8 Wochen.